Schottenkirche
Das Kloster wurde 1155 vom Babenberger Herzog Heinrich II Jasomirgott gegründet. Die erste Kirche entstand kurz darauf. Es folgten einige Um- und Neubauten während der Romanik und der Gotik. In der „Romanischen Kapelle“ und in der „Finsteren Sakristei“ können heute noch letzte Reste der im Jahre 1200 geweihten romanischen Kirche gesehen werden.
Auch die von den Wienerinnen und Wienern sehr verehrte Madonna (um 1250), die älteste Mariendarstellung der Stadt, erinnert an die Anfänge des Klosters. Ab dem Ende des 15. Jahrhunderts stand in der mittlerweile gotisierten Kirche vermutlich auch der (1469 – 1472 gemalte) Schottenmeisteraltar, ein Flügelaltar, der zu den Hauptwerken der österreichischen Gotik zählt und im Stiftsmuseum zu besichtigen ist.
Der heutige Kirchenbau geht auf die Mitte des 17. Jahrhunderts zurück: Aufgrund von Erdbeben, Feuersbrünsten und Alterserscheinungen war die Schottenkirche derart baufällig geworden, dass man sich im Jahre 1638 zu einem Neubau entschloss. Mit den Bauarbeiten wurden die bekannten Architekten Andrea Allio der Ältere, Andrea Allio der Jüngere und Antonio Carlone beauftragt. Zum Teil unter Einbeziehung der alten romanischen Mauern schufen sie eine tonnengewölbte Wandpfeilerbasilika im Stil des italienischen Frühbarocks.
Mit der Innenausstattung wurden die bedeutenden Maler Tobias Pock und Joachim Sandrart betraut. Eine gründliche Renovierung und Überarbeitung erfuhr die Schottenkirche 1883 durch Heinrich Ferstel und Max Haas: Die barocken Altäre ersetzte man durch solche im Stil der italienischen Frührenaissance, wobei die Altarbilder jedoch großteils erhalten blieben. Lediglich das alte Hochaltarbild (die „Himmlische Glorie“ von Joachim Sandrart) wurde aus der Kirche entfernt und ist nun im Prälatensaal des Schottenstiftes aufgestellt. An seiner Stelle zeigt ein Glasmosaik die Madonna mit dem Jesuskind; vor ihr sind der Stifter des Klosters, Herzog Heinrich Jasomirgott, als Ordensvater der heilige Benedikt, Papst Gregor der Große sowie der heilige Jakobus zu sehen.
Eine letzte Umgestaltung erfolgte in den Jahren 1992 bis 1994. Liturgische Überlegungen führten zu einer neuen Anordnung des Altarraumes, der das Zentrum der klösterlichen Liturgie sowie des gesamten liturgischen Lebens der Gemeinde bildet. Das neu gestaltete Vortragskreuz erinnert dabei an die irischen Wurzeln des Klosters.